南京的命名与明朝开国皇帝朱元璋有关。据史料记载,朱元璋在1352年攻克了南京,并将其设为临时都城,称之为“应天”。后来,他在1368年正式建立了明朝,定都南京,并将其改名为“南京”,意为“南方的首都”。因此,给南京取名的是明朝的开国皇帝朱元璋。